Il 3° Reparto E.I. S.M.O.M. è satto costituito il 1° Marzo 2006 con ordine di servizio n.159 e comprende le seguenti regioni: Campania, Calabria, Basilicata, Puglia, Molise e Sicilia.
Il compito primario del reparto è quello di assicurare l'attività istituzionale del Corpo Militare stesso e dei suoi servizi in tempo di pace e in tempo di guerra, in ossequio a quanto previsto dagli articoli 2 e 3 della Legge 4 Gennaio 1938 n.23 e dalle direttive emanate dal Comando Generale del Corpo, di iniziativa o su sollecitazione dello Stato Maggiore Esercito e da altri organismi dello Stato, in merito ad interventi di assistenza sanitaria a favore della Sanità dell'Esercito in guerra.